大鷲の健
科学忍者隊のリーダーで正義感溢れる青年。隊員からの信望も厚い。（声：森功至）
コンドルのジョー
誰よりもギャラクターを憎む。ニヒルな性格で、健と対立することも多い。（声：佐々木功）
白鳥のジュン
科学忍者隊の紅一点。爆発物のエキスパートでもある。（声：杉山加寿子）
燕の甚平
ジュンと同じ孤児院の出身で幼い頃より姉弟同様に育つ。（声：塩屋翼）
みみずくの竜
ゴッドフェニックスの操縦を担当。怪力の巨漢だが性格は穏やか。（声：兼本新吾）
南部考三郎
科学忍者隊を組織した天才科学者。後に科学技術庁長官となる。（声：大平透）
シルビー・パンドラ
南部博士の秘書を務める女性科学者。サイボーグ研究の専門家でもある。（声：上田みゆき）
鴨 三郎
科学忍者隊の基地に技師長として常駐。ガッチャスパルタンの整備を担当。（声：及川ヒロオ）
