新スタートレックが大成功をおさめていた頃、ジーン・ロッデンベリーの体調が悪化していった。第3シーズンには、日々の現場監督から手を引き、リック・バーマンへと引き継がれていった。リック・バーマンは、以後20余年のスタートレックの成功を請け負った人物である。残念ながら、1991年10月24日にジーン・ロッデンベリーは他界した。

ロッデンベリーが築き上げたスタートレック旋風は1990年代後半まで続いた。パラマウントは新スタートレックの最後の2シーズンと放送が重なるように、第3のシリーズの制作を依頼した。リック・バーマンは、成功していた新スタートレックを模倣するのではなく、マイケル・ピラーと共同で『スタートレック：ディープ・スペース・ナイン』（1993年〜1999年）を制作した。番組の舞台をこれまで親しまれてきた宇宙船から、荒廃した宇宙ステーションへと移したのである。ベンジャミン・シスコ中佐（エイブリー・ブルックス）が指揮するステーションで、あらゆる種族が共に暮らしているという設定だ。スタートレックが描く宇宙をより鋭く、そしてより暗く描き、新たなファン層の開拓に成功した。

ディープ・スペース・ナインが視聴者をテレビに釘付けにしているころ、新スタートレックのメンバーが映画館を賑わせた。新スタートレックのメンバーによる初の映画『スタートレック：ジェネレーションズ』（1994年）では、カークとピカードというふたりの艦長が危険な科学者の野望を阻止すべく力を合わせる。さらに、スタートレックの誕生30周年を記念してアクション・アドベンチャー作品ともいえる『スタートレック：ファースト・コンタクト』（1996年）が制作された。U.S.S.エンタープライズNCC-1701-Eのクルーは時をさかのぼり、人類初のワープ飛行や人類と異星人との初接触を阻止して地球の歴史を変えようとするボーグと戦う。

舞台は再び宇宙船に戻ったが、今度は遠いデルタ宇宙域をさまようという設定だ。
クルーは宇宙艦隊士官と反逆者であるマキのメンバーから成り、地球から7万光年離れた領域で、故郷へ戻る孤独な未知の旅をする。ヴォイジャーで主役を演じたのは初の女性艦長キャスリン・ジェインウェイ役のケイト・マルグルーだ。